Procedendo per la navata destra scorgerai subito la suggestione della Cappella delle Travi:  in un spazioso armadio sono custoditi i tronchi che costituivano la zattera, la “madia”, su cui arrivò, nel 1117, l’immagine della Madonna. Poi incrocerai la Cappella di San Michele Arcangelo, sul cui altare si distingue un dipinto di Iacopo Palma, “San Michele e il demonio”. Giungerai successivamente alla Cappella dell’Immacolata, contraddistinta da statue di marmo che rappresentano l’Immacolata e un busto del vescovo Macedonio. Un importante dipinto, la “Battaglia di Clavijo”, attribuito a Finoglio, è conservato sull’altare della Cappella di San Giacomo di Compostela. Infine vi è la Cappella Del Santissimo Sacramento, con un altare stupendo ed un trittico di De Mura raffigurante  la “Cena di Emmaus” ed il “Sacrificio di Abramo”.

Dall’altare si accede all’Oratorio dell’Arciconfraternita, abbellito con stucchi barocchi e diversi dipinti, in cui è custodito il frontespizio dell’Inventario dei Censi del Sacramento, un codice miniato nel XVI secolo da Fra’ Reginaldo.

Dalla Cappella del Sacramento si giunge alle sagrestie dove sono conservate numerosi dipinti e molteplici reperti di arte romanica. Nella Sagrestia Maggiore, ad esempio, ci sono diverse opere di artisti francesi spostate a Monopoli e soprattutto tele di Fracanzano, detto Franzino da Verona, oltre resti dell’antica cattedrale, a cominciare dall’arco che sormontava il vecchio portale romanico. Su di esso è possibile scorgere delle iscrizioni che rimandano alla storia della cittadina.Lungo la navata destra si arriva poi alla Cappella dei Martiri, voluta nell’800 dal vescovo Villani, al cui interno sono custodite delle reliquie racchiuse nelle urne poste ai lati dell’altare e dove emerge un’opera pittorica del Seicento, la “Madonna  in gloria con i Santi Rocco e Sebastiano”, eseguita da Palma il Giovane.

Andando su lungo le ampie gradinate si accede alla Cappella Superiore: qui uno dei tanti dipinti che rappresentano l’evento  dell’approdo della zattera al porto realizzato nel 1675. Affascinante è l’altare, un grande tabernacolo che contorna la venerata icona bizantina protetta ai lati dalle statue di San Michele e San Giuseppe, mentre al centro della lunetta si affaccia il Padre. Sui muri laterali, invece, si osservano tele raffiguranti dei momenti dell’approdo dell’immagine.

Sulla navata sinistra, scendendo dalla scalinata, si incrocia subito la Cappella di San Anna e poi la Cappella della Madonna del Rosario, caratterizzata da una pala d’altare che rappresenta la Vergine circondata da Santi. Seguono poi la Cappella del Redentore con diverse tele del Cinqucento di scuola napoletana e la Cappella del Crocifisso, con una scultura della stessa epoca. Si giunge quindi alla Cappella di San Francesco da Paola, un tempo protettore della città, il cui altare è sovrastato da un tabernacolo in legno dorato riproducente il santo. Infine arriverai alla Cappella del Fonte Battesimale, dove è possibile contemplare un dipinto di scuola fiamminga.